Yo tenía el mismo problema, y se solucionó de la siguiente manera, cada vez que iniciaba mi cuenta en youtube, aparecía un mensaje para filtrar videos de otros países, a partir de que le dí cancelar a esta opción (que aparecía en grande, cómo ya dije cada vez que iniciaba cuenta), los mensajes y comentarios de la bandeja que no querían aparecer como leídos a pesar de que ya los habìa leído, finalmente aceptaron su destino y se convirtieron en leídos. y tan tan.