Buen dia.
Creo que estas confundida, La aplicacion de YouTube no pone a que bajen juegos ni nada, tampoco muestra anuncios fuera de dicha aplicacion por lo que no deberias ver nada en WhatsApp ni mientras navegas en internet. Aqui esto hablando especificamente de la aplicacion de YouTube.
Normalmente las aplicaciones pueden tener publicidad pero es dentro de la misma aplicacion no por fuera. Puede que estes usando una aplicacion y veas dentro un banner de publicad pequeno o tambien aveces puede verse algun banner a pantalla completa pero dicho banner o se cierra solo despues de unos segundos o muestra un boton de cerra pero toda esa publicidad es dentro de la aplicacion y no deberia interferir por ejemplo en que estubieras en la pantalla principal y vieras publicad o que te salgan notificacion con publicidad random.
Lo mejor seria si puedes tomar un captura de pantalla o una foto de la publicidad para saber que tipo es y donde esta apareciendo.
Te recomiendo que leas la informacion del siguiente link respecto a seguirdad en Android
Suelen existir aplicaciones que meten publicidad en todo lado sin importar que se este haciendo, ese tipo de aplicaciones se llama Adware y normalmente suele aparecer porque se instalan aplicaciones fuera de Google Play por ejemplo que mientras navegabas por internet salio algun banner con mensajes por ejemplo que decian que tenias virus, que tenias que actualizar Android, que podias acelerar Android, que tu bateria se iba a danar etc y el fin de esos mensajes es asustar a los usuarios para que terminen isntalando aplicaciones malignas. Entonces por eso te recomiendo el link de seguridad.
Si en tu caso fue que instalaste alguna aplicacion que genera publicidad en todo lado tendrias que revisar que cosas son las que has instalado recientemente y desinstalarlas.
Saludos.