Hola Iñigo,
La subida de un video desde la aplicación de YouTube, no borra el video local.
Se suba el video completamente u ocurra un error.
Es probable que el error se subida se haya producido dado a que el archivo se borró durante la subida.
Revisa que no lo hayas eliminado por error o que otra aplicación lo haya hecho.
Un Saludo.