¿Por casualidad eliminaste alguna subida interrumpida (de ese mismo archivo) del gestor de vídeos? Alguna vez me ocurrió ese problema, y era porque la subida se había interrumpido (dependiendo del navegador, YouTube permite subidas reanudables, en cierta forma).
Si la subida se interrumpe y tienes un navegador compatible, la subida debería continuar desde el punto donde quedó, si luego tratas de subir el mismo archivo. Pero si eliminas la subida interrumpida del gestor de vídeos, y vuelves a subir el mismo archivo, es posible que YouTube continúe esa vieja subida y al terminar, diga que fue eliminada por el usuario, porque éste eliminó la subida parcial del gestor de vídeos.
