YouTube simplemente hace caso a las reclamaciones de terceros. Si usas material con copyright sin autorización, el dueño de los derechos podrá reclamarlo para ''
hacer respetar sus derechos'' y YT simplemente hace lo que la ley de copyright dicta ''retirar el material infractor''. A la 3ra infracción de este tipo, la cuenta es suspendida definitivamente. Si es tu primera vez, entonces no hay riesgo importante para tu cuenta aún.
>>''No se si habrá algún tipo de arreglo o algo, ya que mi vídeo, no sufre ninguna infracción ni nada, que solo puse una estúpida canción a un opening de un anime...''
Bueno, legalmente sí hay una infracción. Estás usando material de terceros sin la autorización o las licencias para publicarlo/transmitirlo. Es igual que con una emisora, debes pagar derechos para usar música protegida por derechos de autor o tener autorización por parte del dueño de los derechos.
Lo mejor es evitar subir música protegida por copyright, así como contenidos de TV o cine, a menos de que tengas autorización o los derechos para publicar esos contenidos. No son ganas de molestar a los usuarios por parte de YT, es un asunto legal y es lo que la ley de copyright dice.
¿Por qué unos sí y otros no?, bueno, YouTube retira contenidos únicamente cuando un tercero lo solicita, por lo demás YT no tocará vídeo alguno si no recibe una reclamación. Algunas veces es porque simplemente el dueño de los derechos detecta algunos y otros no, o simplemente porque decide reclamar unos y dejar otros a su conveniencia o discreción.