Si has incluido o editado el video con los archivos de subtitulos (.srt)... ANTES de subir al video a Youtube en uno de los formatos compatibles, tendras que hacer el video de nuevo. Si has insertado esos subtitulos, en forma de texto, después de subir el video, usando el editor de anotaciones, quizá este desactivado y no puedas acceder al mismo.
En la parte superior de la ventana de tu video, a la derecha esta el editor de anotaciones, lo activas y en esas anotaciones, cuando aparezcan, haces click sobre ellas...las modificas y sequidamente las "publicas". Esto lo haces con todas las anotaciones que hayas incluido.