YouTube suele presentar algunos problemas con ciertos codecs o frecuencias de cuadro por segundo. Para reducir la posibilidad de tener problemas de sincronización de audio o similares, es recomendable usar codecs de audio mp3 o aac y que la tasa de cuadros por segundo sea de 30 preferiblemente, y si sigues teniendo problemas, prueba con una tasa de bits constante.
... o simplemente prueba con otro formato.
