Creo que los modos de visualización 3D de YouTube no son compatibles directamente con la tecnología 3D de ese equipo (los lentes). Si no me el equivoco usa altas frecuencias de cuadros por segundo para visualizar contenido 3D pero el reproductor flash no reproduce contenidos a más de 30 cuadros por segundo.
La mejor forma de ver los vídeos 3D en YouTbe es con unas g
afas anaglifo, las de dos colores.