Debe haber algun problema al momento de renderizar/guardar el vídeo que hace que YouTube no reconozca correctamente su aspecto 16:9. Intenta renderizarlo con otros codecs, otra plantilla u otro programa editor de vídeo o también puedes añadir
yt:stretch=16:9 como una etiqueta al vídeo que ya tienes subido y esto arreglará el aspecto del vídeo de 4:3 a 16:9.
¡Suerte! :)