Este problema parece estar relacionado a las subidas reanudables. Si la subida se interrumpe, en muchos casos YouTube tratará de continuar la subida donde quedó anteriormente, cuando el usuario trate de subir el mismo archivo. El problema es que si el usuario elimina la subida parcial, YouTube podría tratar de seguir con la misma subida, y al terminar, dirá que el video fue eliminado por el usuario.
¿La subida se interrumpió en algún momento, fue cancelada, o borraste una subida parcial de tu gestor de videos?