Supongo que youtube podría marcar como spam automaticamente comentarios cuando:
Se publican muy muy seguidos uno tras otro
Cuando incluyen referencias a sitios webs externos
Cuando incluyen palabras que tienen influencia de comprar objetos o servicios.
Pero lo más probable es que si comentas cosas que no son del agrado del autor o de otros usuarios, te lo marquen como SPAM.
Podría pasar, no se que tipo de videos miras tu, pero desde luego no se marcan por error ellos solos.