El reproductor 3D no soporta anuncios publicitarios ni anotaciones, así que lo mejor es que no actives el reparto de ingresos en ese/esos vídeos en particular.
Para los usuarios que no sean Partners, además de lo dicho previamente, tampoco es recomendable usar AudioSwap en vídeos 3D de YouTube ya que esto inhabilitará el reproductor 3D.
¡Suerte!