Hola,
Vamos por partes :)
Sobre el vídeo con contenido de derechos de autor... Si no lo monetizas no deberían existir grandes problemas siempre y cuando el canal de YouTube tenga contenido monetizable.
De todas formas para saber que nada ocurrirá, solo debes subir y monetizar contenido del que eres 100% creador o del que dispones de permiso.
Dependiendo del tipo de rechazado que hayas obtenido. Si es respecto a AdSense, desde aquí no podemos orientarte pero si es YouTube el que rechaza la solicitud de monetización, debes esperar 30 días para volver a enviarla.
Un Saludo.