¿El historial de dónde? ¿Del navegador o de la cuenta de YouTube? Yo recién borré el historial de mi cuenta (de los videos que había visto recientemente) y se borró sin problemas.
(...) pero al consultar sale de nuevo lo que se supone botrre
Eso me hace pensar que estás confundiendo las sugerencias que da YouTube al momento de realizar una búsqueda con algún historial.