Una vez me ocurrió lo mismo. Un mensaje con spam, pero para cuando llegué a la bandeja de entrada de YouTube, el mensaje parecía haber sido eliminado por YouTube automáticamente, supongo (me pareció extraño).
Hay una forma de arreglar el contador de mensajes personales que muestra X mensajes cuando todos ya han sido leídos. Lo explico en este otro debate:
En este vídeo se explica en inglés:
