Todo esto es bastante absurdo. Yo empezaría, como prueba y siguiendo el consejo de Comentarioinformal, a usar otro formato para ver si permite subirlo y YouTUbe detecta la duración correcta. Si te permite, sabemos que se tratará de algún problema con la compresión y que el MPEG-4 está añadiendo información al fichero que YouTube descifra como una mayor duración..... Si no, seguiremos buscando.