Siempre vas a notar diferencia entre el video original y el subido a YouTube.
Una de las misiones de YouTube es hacer que los videos se vean lo mejor posible, desde cualquier parte del mundo y dispositivo que se esté usando. Es decir, transportar y reproducir el archivo original haría que muchos dispositivos se derritan, internet se caiga o directamente no se pueda ver el video. Por eso mismo los videos se procesan a la hora de subirlos a YouTube y se les aplica codecs de compresión.
Si los videos se suben cumpliendo la codificación recomendada, se conseguirán los mejores resultados posibles:
De todas formas YouTube puede aplicar diferentes tipos de códecs de compresión por lo que es normal que hayas visto ese tipo de diferencias.