Hace más de una semana que estamos con este problema. Ya abrí un mensaje en el foro y envié un mensaje a Youtube donde me dicen que están analizando el problema. Te recomiendo que vayas comprobando la lista de videos no monetizados, a mi me caen como moscas.
Tengo más de 2800 videos y como tu dices, solo se ven afectados los de reparto de ingresos, los reactivas manualmente (ni siquiera puedes hacerlo seleccionando más de uno)
Va a rachas, a veces cae 1 ó 2 videos, y por la tarde me encuentro con 25 desactivados.
Les he sugerido que el problema puede venir por el cambio de entorno que están implementando, pero estamos sin respuesta ni solución.