¿Has probado si desactivar la aceleración de hardware de flash mejora la reproducción?
Haz clic derecho sobre el reproductor de YouTube, luego el ''Configuración'', después busca la pestaña de visualización y desmarca la casilla ''Activar aceleración de hardware''.
Si eso no funciona, quizás quieras probar el reproductor HTML5
youtube.com/htnl5