El problema de las líneas cortas apareció hace algunos días y ya fue reportado al personal de YouTube, esperemos que lo solucionen pronto... En cuanto al tamaño de la fuente, no se puede controlar por ahora, pero desde que apareció el problema de las líneas cortas, también parece que el tamaño de la fuente de los subtítulos es más grande en vídeos con aspecto 16:9 que en aquellos con aspecto 4:3
Un control sobre el tamaño de la fuente me parece buena idea :)
