Si YouTube sabe de alguna forma que las dos cuentas le pertenecen al mismo usuario, al recibir una infracción, aparecerá en ambas, ya que las infracciones se cuentan por usuario y no por canal :/
Probablemente ambas cuentas compartieron la misma dirección de correo en algún momento o estuvieron vinculadas de alguna forma y YouTube da por hecho que le pertenecen a la misma persona.