Cada canal es independiente, puedes tener 2 strikes en un canal y los otros canales estar limpios.
Y si llegas al 3 strike solo se te cancelara el canal afectado (eso en caso de que el canal afectado este creado como un canal secundario con una pagina de google+, en caso contrario, perderas todos los canales y se te revocara el acceso a Youtube y a tu cuenta de google+ y no te dejaran crear mas canales de youtube)
Yo te recomiendo que si tienes 2 strikes, pongas todos tus vídeos en privado mientras se pasan las 2 semanas que te dan.
(eso se hace accediendo a Youtube mediante una plataforma mobil)