Hola.
Eliminar uno de los canales de YouTube pertenecientes a tu cuenta Google no afecta a los otros que tengas en esa misma cuenta, a menos que por alguna razón decidas eliminar la cuenta Google completa. Lee muy bien la información y mensajes que el sistema te muestra cuando trates de eliminar un canal, se te indicará claramente lo que se eliminará antes de confirmar esa acción (y asegúrate de acceder con el canal/cuenta de marca correcta).
Si por "canal que viene por defecto" te refieres al que está asociado al perfil personal, puedes eliminarlo, pero ten en cuenta que la cuenta Google seguirá teniendo cierta funcionalidad en YouTube aunque no tengas un canal.
