Saludos, me encontré con el mismo problema y después de una semana peleándome con el tema he conseguido que youtube me ponga algunos vídeos en VP9. Aquí detallo algunas impresiones y como hacerlo.
Codificar en VP9 implica mas tiempo de computación que con H264, de ahí que de entrada no codifique un vídeo que se suba por defecto a todo el mundo por igual, aunque esté a 1080p60FPS.
Para tener codificado un video en Youtube con VP9 hay que:
1.- Ser un canal grande con mucho tráfico y ya está, o bien
2.- Ir a mejoras en el menú editar, en la parte central donde aparece el vídeo con su vista previa, darle a avanzar a la barra de progreso y luego a guardar, sin tocar nada.
El vídeo quedará en modo "en proceso" deduzco que los sistemas automatizados de youtube detectan que se requiere mejorar la calidad del video y te lo recodifica a VP9 por defecto.
A mi me está funcionando con los que he probado.