Sí se puede.
Para las anotaciones (las "nubecitas" que dices): Ve a "Mis vídeos" (
www.youtube.com/my_videos) y en el vídeo deseado selecciona la "flecha negra" que hay al lado de las opciones "Editar" e "Insight" y luego haz clic en "Anotaciones".
Para cambiar la miniatura del vídeo: De nuevo en "Mis vídeos", selecciona la opción "Editar" en el vídeo deseado. Entrarás en la página de configuración del vídeo y en una parte de ella verás que puedes escojer entre 3 miniaturas distintas.