Hola Alberto, al momento del procesamiento del video y del audio la calidad original se reduce a un nivel más razonable para la subida de videos tomando en cuenta la velocidad del ancho de banda y otras especificaciones técnicas.
La primera opción que tienes es intentar alinear las codificaciones de tu video con las codificaciones que indica youtube. Esto es:
1. Códec de audio: AAC-LC
Canales: Estéreo +5.1
Frecuencia de muestreo de 96 Khz o 48 Khz
Otra cosa que me ha funcionado es utilizar herramientas como VirtualDub (es gratuita), que permite realizar efectos sobre el audio de un video. También puedes encontrar el programa Avidemux que permite aplicar diferentes filtros al audio.
Yo he usado VirtualDub para subir el volumen del audio.
Espero te pueda servir mi orientación.
Saludos