Siento decirte que no hay nada que podamos hacer para que Java siga funcionando en Chrome a partir de la versión 45, ya que la funcionalidad se ha quitado totalmente en esa versión. Lo único es usar otro navegador únicamente para las páginas que usen Java.
Aún así, si no quieres abrir una ventana de otro navegador para ver Java, he tenido una idea que puede que funcione o puede que no. Con la extensión
IE Tab puedes hacer que ciertas páginas en Chrome se renderizen con Internet Explorer, y como Internet Explorer sí que soporta Java, deberías poder usar Java dentro de Chrome activando IE Tab en las páginas que usen Java (aunque recuerda que estarías usando IE para renderizar la página, y no el motor de renderizado de Chrome).
