Cordial saludo angelica calderon, te damos la bienvenida al foro de ayuda del navegador Google Chrome.
Gracias por la situación y las dudas que compartes, con base a tus inquietudes te comento lo siguiente:
Si esa cantidad de marcadores pueden trabar al sincronizar?
No existe limite para los marcadores, inclusive los puedes administrar en carpetas que te permitan agruparlos y así poder visualizarlos en la barra de marcadores.
En el modo incógnito trabaja la sincronización?
Cuando utilizas esta opción de navegación, los sitios que consultas no quedan registrados en el historial de tu cuenta, ademas no se almacenan contraseñas ni se registran las cookies, motivo por el cual chrome no sincroniza información a tu cuenta.
Sería fallo de la versión canary?
Esta versión se recomienda por Google únicamente a desarrolladores, puesto que es un navegador donde se prueban por primera vez funcionalidades, lo cual no fortalece tu navegación y dependiendo de tus intereses te sería factible su uso, puesto que para una navegación convencional, podría ser inestable.