Probá quitar la sincronización a ver qué pasa.
Es que la sincronización es para eso, para guardar los marcadores en Internet. Vos querés volver a los marcadores que no estaban guardados en Internet. Quizás puedas, pero de casualidad, no hay una función para eso.
Chrome maneja perfiles, si los estás usando, quizás cambiando de perfil encuentres lo que estás buscando.