Hay algunas incompatibilidades, que se dan por el hecho de que Chrome es nuevo, y en varios aspectos, todavía lo están adaptando.
Lo que decis de Navegar en modo Incognito, no tiene nada que ver.
El Modo Incógnito, sirve para navegar por cualquier sitio web que desees, la diferencia esta en que una vez que cierres las ventanas del Modo Incógnito, todo rastro de los sitios webs que visitaste, se borran. No van a quedar historiales, cookies, contraseñas, formularios, etc. Claro que si descargas un archivo con el Modo Incógnito, ese archivo SI va a quedar en la PC.
Pero no tiene nada que ver con "datos malignos" como decis vos, tanto el modo normal, como el modo incognito, te protegen contras practicas de phishing, webs atacantes, etc.
