Todos los navegadores hacen algo parecido: Los archivos no estándares se descargan a la PC y luego se abren con la aplicación (no con el navegador).
Por ejemplo, al descargar un ppt, inicia la aplicación PowerPoint para abrir ese archivo.
Chrome pone un ícono de descarga al pie de la ventana. Ese ícono tiene un triangulito a la derecha, que despliega un menú, y permite marcar "Abrir siempre este tipo de archivo". A partir de ahí, cada vez que descargues un ppt (por ejemplo), se abrirá automáticamente el PowerPoint.