El panel está basado en web, pero no quiere decir que éste esté en los servidores de google, está dentro de google chrome. De la misma forma que revisas el historial de sitios visitados, o incluso si vas a "ver todas las descargas...", se muestran en el browser a travez de html y no como un diálogo de aplicación. Pero tranquilo que todo esto corre dentro de tu browser.
Con respecto a porque no se notificó del cambio que se iba a realizar, te recomiendo que te suscribas al blog de Google Chrome donde tendrás las notificaciones correspondientes:
http://chrome.blogspot.com/ Saludos!