El problema se presenta cuando se hace clik en un link que abre una ventana emergente y esta nueva a su vez abre otra de manera automática ya que la versión del Chrome (13.0.782.112) automáticamente bloquea y cierra ambas ventanas, sin dar tiempo de realizar la excepción, con la versión anterior, al abrir el link mostraba la primera ventana emergente y bloqueaba la segunda (la automática) quedando esta primera emergente con el icono para hacer la excepción.
Revisando las opciones avanzadas del Chrome encontré como agregar de manera manual las excepciones a las ventanas emergentes y listo solucioné el problema, lo único que se presta a confusión es el uso del termino "Patrón de nombre de host" en vez de utilizar Dominio, Sitio u otro termino mas comprensible para el usuario común.
Solución:
Copiar esta dirección sin comillas: "chrome://settings/contentExceptions#popups", pegarla en la barra de direcciones del Chrome y Presionar Enter, donde dice "Añadir nuevo patrón de nombre de host" escriben el dominio al cual desean agregar al excepción (ej.
www.nombredeldominio.com)
Espero sirva de ayuda y gracias a @Spartan113 por su colaboración.
