Sin embargo sospecho que pueden ser los dispositivos que tienes asociados a tu cuenta de Google que están sincronizando el historial. Si así es, te dejo esta nota del centro de ayuda donde aprenderás a eliminar el historial de navegación. Accede a cada uno de los dispositivos y realiza esta acción en cada uno de ellos, verás como va desapareciendo a medida que lo eliminas.
Eliminar el historial de navegación - Ayuda de Google Chrome