Hola Anass El Jabiry,
Este problema es porque los botones de navegación no se llegan a ocultar del todo en el modo inmersivo.
Este es un problema que no solo pasa en Chrome sino que también en muchos juegos y aplicaciones de pantalla completa, esta falla es de Software y muchos fabricantes no la han solucionado aún.
Para poder "solucionarlo" por el momento hay que usar un software de terceros para ocultar los botones de navegación,
Te recomiendo usar: "GMD Full Screen Immersive Mode" , no necesitas Root
De todos modos podrias probar tambien con Chrome Beta en caso de que ya hayan sacado algun Fix desde la misma aplicación.
Saludos !