Hola rsoto,
Las primeras dos opciones que comentas, depende del nivel que tengas.
En mi caso he estado realizando pruebas y no noto diferencia de tenerlas activadas o no (Con 250/25 Megas de Fibra Óptica).
Mi recomendación es que tengas activada por lo menos la primera opción de Phising y Software malicioso.
Si crees que no corres riesgo y eres un experto, puedes desactivarlas.
Sobre las Flags...
Como indica el mensaje superior, son experimentos y funciones experimentales de Google Chrome.
Te recomiendo que pruebes todas si te apetece, pero ten en cuenta guardar tus datos ya que puedes perderlos y no navegues por paginas que contengan información personal o importante.
Para volver a navegar con normalidad, podrás poner todas las Flags como estaban de manera predeterminada haciendo clic en el botón que encontrarás en la parte superior derecha.
Lo recomendado es que no toques nada que aparece ahí para dejarlo fijo a no ser que estés seguro de lo que se trata.
Sobre las ventanas azules, errores... Y sus soluciones, accede a: