No conozco ningún caso en el que los marcadores provoquen eso, ni veo cómo podrían, pues son datos que mantienen una actitud pasiva.
¿Tienes algún tema instalado? En ese caso prueba sin él también.
Comprueba también que las extensiones no se están instalando de nuevo cuando reinicias sesión en Chrome, pues no me queda claro si las eliminas cuando estás con la sincronización parada.
La mejor forma de comprobar si el problema está en los marcadores es borrándolos todos, mientras estás sincronizado, para que se borren de los dos sitios. Pero primero
expórtalos a un archivo HTML para poder recuperarlos luego.
Saludos.