Hola Andrés.
Chrome para Android no dispone de dicha opción, al menos yo en mi móvil no la veo, en la versión Beta. Se me ocurre que puedes instalar un gestor de archivos/descargas, que te permita cambiar la carpeta de Descargas. Cuando intentes hacer una descarga, el sistema te preguntará con que utilidad quieres hacerlo, y eliges el gestor. Por ejemplo
ES Explorador de Archivos te permite hacerlo. Te dejo una captura de pantalla de como se vería.
Un saludo.