Llegue a este lugar por la misma situación, personalmente a lo que respecta del proxy, Google Chrome trabaja el proxy de la red con la aplicación nativa del sistema operativo, (Opciones de Internet para Windows, Red para Distribuciones Linux ), no es que sea dependiente de IExplore, sino que las opciones de Internet de Windows vienen definidas dentro de su browser nativo, por eso es que se denota de esa forma.
También como ustedes, estoy esperando que Google Chrome traiga su propia aplicación para gestionar los proxys de red (asi como el de Firefox u Opera), en mi caso soy usuario Linux (bajo Fedora) y ahi no funca el proxy para chrome y tengo que utilizar Firefox.
Seamos pacientes y espero que en futuras actualizaciones de Google Chrome tengamos la dicha de usar su propia aplicación para los proxys de red.