Hola oevonpa
Bienvenido al foro de Google Chrome.
Lo que ha sucedido es que al recuperar tus marcadores han sido ordenados de manera alfabética y esto incluye a las carpetas que hayas creado para ordenarlos.
Si quieres darles un orden específico tienes que hacerlo de manera manual, arrastrando los accesos directos como lo requieras.
Nos cuentas qué tal.
Un saludo,
Alvaro.