Hola!
Es extraño porque cuando se inicia sesión en un PC de otra persona, los marcadores no son sustitutos por los marcadores del PC. Sólo son añadidos con sus marcadores.
¿Ha comprobado si sus favoritos no están en Chrome, pero en otra carpeta? Intente abrir el administrador de marcadores. CTRL + Mayús + O
PS: Es importante que desconecte su cuenta de equipo que no es tuyo. Porque si alguien borrar sus favoritos, con la cuenta conectada, esto afectará a todos sus dispositivos.