¡Hola Fernando Huerta!
Es importante comentar que la extensión "Whitelist" y el comportamiento que mencionas me llevan a recomendar que la desactives, para lo cual te paso la siguiente referencia de como Desinstalar extensiones - Ayuda de Chrome.
Ahora bien con respecto a la navegación es virtualmente imposible que una extensión te ayude en liberarte de los "pop-up" indeseados, puesto que como bien mencionas hay páginas web que están basados en este tipo de ventanas emergentes, que no solo son de "molesta publicidad" si no que hay otros tantos usos de las ventanas emergentes como la que te ayuda a navegar en el sitio visitado, encuestas, promociones, etc.
Entiendo que puede ser pesado el lidiar con estos cuando se busca una rápida y limpia navegación, por lo cuál me tomo la libertad de darte las siguientes recomendaciones:
- Puedes ver si la administración de ventanas emergentes en chrome te puede ser de utilidad para bloquear los pop-ups de las páginas que visitas.
- Lo segundo que yo haría en tu caso sería ver que tan "necesario" es visitar estos sitios y en la medida de la posibilidad evitarlos, pues si te controlan en tú navegación imagina que una de esas te hagan descargar algún virus o malware por medio de una publicidad engañosa. ¿no lo crees así?
- En dado caso que requieras seguir visitando dichos sitios intenta revisar en la Ayuda de Chrome - Pestañas y ventanas; ahí podrás encontrar artículos de interés que te pueden ser de mucha utilidad, como la combinación de teclas, la navegación privada, etc.
Saludos Googleros ... ^_^ ...