Hola
lanaesbero, el único backup es la propia sincronización, por lo que tus marcadores deberían continuar almacenados en la cuenta de Google. Si no, entonces están perdidos, aunque no deberían.
Si entras en el Panel de control, en la sección de Sincronización de Chrome, podrás ver cuantos hay.
Si ves que están todos prueba a añadir uno más, que a veces eso consigue refrescar la sincronización. También puedes probar a detener la sincronización, añadir un usuario nuevo y probar con él.
A ver qué nos cuentas, un saludo.