Eh... no.
Por ahora no hay manera de manejar eso. No me extrañaría que en el futuro se puedan hacer extensiones para quitar los botones de otras extensiones y visualizarlos de manera diferente (en un menú, en una página, en una barra de marcadores, etc.), pero parece que todavía no se puede.
Yo me imagino que hay otro motivo por el que todavía no se puede. Chrome hace mucho hincapié en la velocidad y la estabilidad. Firefox tiene un problema importante con sus extensiones (lo enlentecen, y también lo cuelgan). Por eso Chrome, en vez de ser compatible con las extensiones de Firefox, inventó una API diferente.
El asunto es que muchas extensiones te enlentecen el navegador, y me imagino que por eso todavía no se ocupan de esta cuestión tan obvia: qué hacer cuando se termina el espacio para botones de extensión.