Hola Juan:
Es bastante difícil decir exactamente que pudo haber pasado. Lo único que se me ocurre con respecto a Chrome, es que ayer se actualizó a la nueva versión, quizás pudo haber ocurrido un problema con la actualización... O bien es alguna falla de tu PC.
Entrando en Herramientas\Acerca de Google Chrome. Podes fijarte si tenes la ultima versión instalada (v12).
Te recomiendo que configures la sincronizacion, puede salvarte en muchísimos casos, guardando automáticamente marcadores, apps, temas, preferencias, etc.
Y si ya lo tenias configurado, solo basta con restablecer tus datos.
Saludos.
Diego.