Yo tampoco sé qué es un muffin.
1) En Chrome los favoritos se llaman marcadores.
2) Los marcadores se pueden sincronizar, y quedan guardados en la web, de manera que los podés tener también en otras PC. Además cuando se borran de una PC, tus marcadores se vuelven a descargar de la web, y como si nada. Pero claro, hay que sincronizarlos antes de perderlos:
3) Los marcadores se guardan en tu cuenta de usuario de PC. Si accedés a la PC con otro usuario, en Chrome no vas a encontrar tus marcadores, sino los del otro usuario. Asegurate que estás usando el usuario de siempre.
4) Me pregunto si el muffin ése no es una extensión. Hacele clic derecho, y si en el menú te aparece la opción "Administrar extensiones", entonces confirmado: es una extensión. El tema es que las extensiones no se instalan solas, y requieren varias confirmaciones el usuario. Por eso si vos no sabés qué hace una extensión en tu Chrome, recomiendo inhabilitarla (en Administrar Extensiones).
5) ¿Por qué se pierden los marcadores? La causa más común es que se cuelgue Windows o se corte la luz. Cada vez que esto sucede, los archivos abiertos pueden corromperse. Le pasa a todos los navegadores, especialmente a los que usás con más frecuencia.