Aunque te parezca una broma o algo incómodo, es lo mejor que te podía pasar, almacenar contraseñas (por muy seguras que te digan que están) es un peligro, si tener que teclearlas te parece un incordio, recuerda que no hace mucho, las contraseñas en Chrome no estaban protegidas y se podían ver muy fácilmente. Teniendo en cuenta que la seguridad total no existe y que los informáticos, recomendamos por activa y por pasiva NO guardar contraseñas, creo que el hecho de que tu navegador no te guarde las contraseñas, es algo bueno, sí, es más incómodo, pero lo que pierdes en comodidad, lo ganas en seguridad y no me parece un mal cambio. La alternativa (que alguien pueda hacerse con tus contraseñas), me parece mucho peor que el hecho de tener que teclearlas cada vez, es solo cuestión de acostumbrarse.
Personalmente, NUNCA guardo las contraseñas y mi navegador no las almacena, siempre borro TODA la caché del navegador tras usarlo y tecleo las contraseñas, no me supone una molestia y gano en tranquilidad.
En cualquier caso, si quieres guardarlas, te recomiendo que vayas paso a paso ¿Te ha empezado a ocurrir desde que has instalado la última versión? ¿Has instalado alguna otra aplicación antes de instalar el navegador? ¿Usas un usuario con privilegios suficientes?