Hola Juanjo Luque,
Si es correcto lo que dices, a mi también me sucedió el mes pasado, cuando se realizo la actualización de Google Chrome en la versión "55.0.2883.87 m" yo también perdí mis marcadores anteriores. Pero llevo más de una semana con esta nueva actualización y te comento que ya se están guardando correctamente en el perfil, ya no se están perdiendo.
Como recomendación personal, te diría que siempre guardes en un block de notas como respaldo las direcciones que tengas en tus marcardores, a veces puede pasar no es algo que lo hagan voluntariamente. En todo caso también puedes guardar esos marcadores en otros navegadores como medida de respaldo.
Espero haberte ayudado, que tengas buen día.
