Buenas.
Pues gracias por el interés, pero por desgracia tengo que decir que la solución, lejos de arreglarme el problema, me lo ha agravado algo más (ahora intentaré restaurar los archivos borrados).
Independientemente de que ahora todos mis favoritos me aparecen con el icono genérico, tras entrar en muchas de ellas para que se guarde de nuevo el favicon, algunas webs que antes no tenía problemas ahora se me ha "jodido" el icono, tanto en el mismo Chrome, como si creo un acceso directo de esa web en mi escritorio.
De todos modos, muchas gracias por la respuesta. La intención es lo que cuenta.
un saludo!
+E para abrir el Explorador de Windows.