1º- Si reinstalaste el Sistema Operativo (OS) supongo que habrás reinstalado todos los programas de nuevo...
2º- Los marcadores de Chrome se almacenan en este archivo: C:\Documents and Settings\Administrador\Configuración local\Datos de programa\Google\Chrome\User Data\Default\Bookmarks. Comprueba si lo tienes (y de que fecha es) o la copia de seguridad "Bookmarks.bak", en cuyo caso renómbralo a "Bookmarks".
3º- a) Supongo que no has hecho una copia de seguridad de tus marcadores desde "Administrador de marcadores" lo cual resolvería tu problema.
b) Si no has configurado la sincronización de datos de Chrome (incluyendo marcadores) en "Opciones-->>Personal-->>Sincronización" lo cual resolvería tu problema.
c) Si no puedes importar tus marcadores actualizados desde otro navegador como el Explorer o el Firefox.
...entonces prueba a hacer lo siguiente:
1) Abre la página de google y logueate en tu cuenta de Google si no lo hace automáticamente.
2) En la esquina superior derecha de la página pincha un icono con forma de rueda dentada, pincha en "Historial web" y logueate en este servicio utlizando tu contraseña de Google.
3) En la página que se muestra, en el margen izquierdo pincha en "Marcadores". En teoría, si siempre has tenido cuenta de Google, ahí se almacenan todos los marcadores que has ido añadiendo desde Chrome. Si ese es el caso, y están ahí, pincha al fondo de todo, debajo de la lista de marcadores en "Exportar marcadores". Se descargará en tu PC en formato html.
4) Desde "Administrar marcadores-->>Organizar->Importar marcadores" de Crhome importa el archivo html que has descargado en el paso anterior.